“绕过崇明，继续向南！”刘良佐决断道，“我军目标是江南膏腴之地，不是区区沙洲。传令各船，保持队形，注意瞭望，发现明军巡船，能避则避，直扑吴淞口外！”
他选择的目标是苏州府与松江府交界处的“金山卫”一带。那里海岸平直，利于登陆，且据情报显示，自南京易主后，原驻防此处的明军（现属监国政权）兵力被抽调不少，防御相对空虚。
六月二十日黎明，清军船队出现在金山卫外海。瞭望哨发现了海岸线上稀疏的烽火台和几处简陋的营垒。刘良佐下令舰队展开，以火炮轰击岸上可疑目标，同时放下数百艘小艇、舢板，满载披甲步兵，在晨曦中向着滩头发起冲锋！
然而，他们低估了对手的反应速度，也低估了朱炎对海防的重视程度。
早在刘良佐船队自海州出发不久，郑森在厦门和舟山的海上侦哨，以及江南沿海渔民间“察探司”布下的眼线，便已发现了这支大规模南下的船队，并迅速将情报传回南京。朱炎得报，虽不确定其具体目标，但立即判断这是清军试图从海上开辟第二战场的企图。
他当即传令：命黄得功加强镇江至江阴段江防，严防敌军趁乱溯江；命南京水师抽调二十艘战船，加强长江口巡弋；最关键的是，命令苏松巡抚（新任命）及当地驻军，立即动员沿海卫所兵、乡勇，加强戒备，并利用沿海塘坝、盐田等复杂地形，迟滞可能登陆之敌。
因此，当刘良佐部开始登陆时，他们遭遇的并非毫无准备的守军。滩头后方，早已有数百名临时集结的卫所兵和乡勇，依托盐田堤坝和零星民居进行阻击。虽然火力不强，但足以给登陆清军制造麻烦，延缓其推进速度。
更麻烦的还在后面。当天下午，接到紧急命令的南京水师分舰队（十二艘战船）以及从松江府华亭县（今上海松江）赶来支援的十数艘民间武装沙船，出现在清军船队的侧翼，开始袭扰。这些船只虽然不敢与清军主力舰队硬拼，但不断以火炮和火箭进行远程骚扰，攻击落单的清军运输船，严重干扰了清军后续部队和物资的登陆。
刘良佐登陆的五千前锋，在付出数百人伤亡后，虽然成功夺取了滩头，并向内陆推进了数里，但随即发现自己陷入了一个尴尬的境地：前方，是不断聚集、利用水网稻田节节抵抗的明军和乡勇；侧后，是不断遭到袭扰、难以稳固的登陆场和补给线；海上，舰队被明军水师纠缠，无法提供有效支援。
他的冒险，从一开始就撞上了一张并非坚不可摧、却充满韧性与麻烦的网。想要如计划般直捣苏州、震动江南，变得异常困难。
川陕侧翼：无声的渗透
几乎在刘良佐于金山卫登陆的同时，川东夔州府（奉节）山区，一处隐蔽的山寨内，篝火熊熊。山寨首领，正是坚持抗清的明军将领于大海。此刻，他面前站着三名风尘仆仆、却眼神清亮的陌生人——正是秘密入川的十二名“播种者”中的一组。
为首的是那位通晓农事与医药的前道士，道号“玄青”，此刻作游方郎中打扮。他正在向于大海展示随身携带的几样“礼物”：一小袋颗粒均匀的黑色火药（比于大海部自制的威力大、烟小），几件小巧但结实的铁制农具样品，以及一包用油纸仔细包裹的番薯块茎。
“……此乃南京‘百工院’新法所制火药，燃速稳定，力道足。这些农具，轻便耐用，尤其适于山地开垦。至于这‘番薯’，乃海外传入之嘉种，不择地力，产量极高，且耐旱，于山间坡地种植，最是合适。”玄青语速平缓，却字字清晰，“我等受豫国公与监国殿下所遣，特来相助将军。别无他求，只愿将军能在这川东险地站稳脚跟，多一份保境安民、抗击虏寇的力量。”