武德九年（626年），秦琼获封邑七百户。
贞观十二年（638年），秦琼病死。李世民追赠其为徐州都督，陪葬昭陵。李世民命在秦琼墓前造石人马，用以彰显秦琼的战功。
贞观十三年（639年），该封秦琼为胡国公，十七年（640年），李世民画秦琼等人的全身像挂入凌烟阁。
据新旧唐书记载，秦琼每次随李世民征伐，敌阵中常有炫耀自己兵强马壮的武将，李世民就让秦琼前去，单枪匹马常将敌将斩杀于万众之中。但具体杀过哪些敌将，史书却无详细记载。
民间过年时贴门神的习俗由来已久，即在过年的时候在自家门上贴上秦琼与尉迟恭的画像。据传，唐朝开国年间，泾河龙王为了和一个算卜先生打赌，结果犯了天条，罪该问斩。玉帝任命魏征为监斩官。泾河龙王为求活命，向唐太宗求情。太宗答应了，到了斩龙的那个时辰，便宣召魏征与之对弈。没想到魏征下着下着，打了一个盹儿，就魂灵升天，将龙王斩了。龙王抱怨太宗言而无信，日夜在宫外呼号讨命。太宗告知群臣，大将秦叔宝奏道：愿同尉迟敬德戎装立门外以待。太宗应允。那一夜果然无事。太宗因不忍二将辛苦，遂命巧手丹青，画二将真容，贴于门上。后代人相沿下来，于是，这两员大将便成为千家万户的守门神了。其中执锏者即是秦琼。执鞭者是尉迟敬德。这个典故是小说西游记里的重要情节。
“为朋友两肋插刀”，其来历是秦叔宝为救朋友，染面涂须去登州冒充响马，路过两肋庄时，在岔道想起老母妻儿，犹豫片刻，一条路去汝南庄，一条路去登州，一条路回家门，最终还是为朋友，视死如归去了登州，两肋庄岔道体现出秦琼的深重义气就被人们传为“两肋岔道，义气千秋”。
随着时间的推移“秦叔宝为朋友两肋庄走岔道”这句话传来传去就变成了“秦叔宝为朋友两肋插刀”了。
秦琼卖马、传枪递锏等典故虽然在民间广为流传，但都是小说虚构情节，而正史却无考。来护儿：此人勇悍，加有志节，必当自取富贵，岂得以卑贱处之？
刘昫：敬德夺槊陷阵，鼓勇王师，却赂报恩，竭忠霸主。然而奋拳负气，非自全之道；文皇告诫之言，可为功臣药石。叔宝善用马槊，拔贼垒则以寡敌众，可谓勇矣。知节志平国难，拜隼篽则致命辅君，可谓忠矣。而并晓世充之猜贰，识唐代之霸图，可谓见几君子矣。志玄中镝不言，竟安师旅。公谨投龟定议，志助储君。皆所谓猛将谋臣，知机识变。有唐之盛，斯实赖焉。
刘昫：太宗经纶，实赖虎臣。胡、鄂诸将，奋不顾身。图形凌烟，配食严禋。光诸简册，为报君亲。
1995年山东济南考古人员发现秦爱墓志铭，终于揭开秦叔宝家族之谜。秦琼曾祖父秦孝达、祖父秦方太、父亲秦爱字季养，三代人都做过北朝时期的文官。
秦爱墓志铭
碑文载：秦季养之祖父名孝达，魏广年县令；父方太，北齐广宁王记室。南北朝时，最高统治者都是依靠士族支持其统治，以门第的高低选取各级官员。“王府记室”是王府的僚友，在北齐当时是五品官。开府仪同三司“录事参军”是六品官。秦季养弱冠时初出仕即任此职，他的祖父又曾是县令。三代任官可考，当属于士族中的中等而偏上的家族，是诗书门第。北周武帝灭齐以后，季养乃告归乡里。时值周隋之际，战乱频仍，海内不一，遂屡蒙求贤辟引，季养皆无所就。当季养之父方太仕北齐广宁王记室时，季养亦仕齐为录事参军，父子两人同时同朝共仕北齐，亲眼目睹了朝廷内部相互争斗、残酷厮杀的场面，以及朝代频繁的更替，处于民不聊生的战争年代。尤其是隋末农民战争混乱，于是秦氏父子同时归隐故里数十年，观望局势的变化。季养隐居37年，于大业十年（614年）十一月廿一日终于故里——齐州历城县怀智里，终年69岁。此时秦琼正投入到隋末农民战争中，估计不可能得到父丧的信息，不能回乡守制。
秦琼之子秦怀道墓志铭又被发现。据《唐故常州义兴县令上柱国秦府君墓志铭》记载：秦怀道字理，右扶风人、汉山阳太守秦彭之后。六世祖效力于慕容氏燕国，官拜乐陵郡守，子孙后代因而居住在齐地。曾祖季（即秦季养），北齐咸阳斛律武都府录事参军，贞观初追赠瀛州刺史、上柱国、历城县开国公，食邑一千户。祖叔宝，从高祖擒尉迟敬德，拜上柱国、马军总管，授秦府右三统军，又除左武卫大将军，食益州实封七百户，改封胡国公，赠徐谯泗三州都督，陪葬昭陵。秦怀道于唐“嗣圣元年（684年）二月一日遇疾终于括州括苍县，春秋六十”，则秦怀道生于625年左右。
秦怀道墓志铭没有记载其父名讳，又刻于开元六年（718年），距其去世时间相隔34年；另外秦怀道之子秦佾墓志铭中又记载秦佾“祖叔宝，佐命功臣、左武卫大将军、上柱国、翼国公。父怀道，太宗文皇帝左千牛。秩满，迁绵州司士参军。又迁常州义兴县令，袭爵历城县开国公。”综上可知秦怀道墓志铭应是误将其祖、父写成曾祖、祖，秦怀道应是秦琼晚年幼子。