新成立南方战区，负责整个南方除了蜀地之外所有其他地方的攻略，镇海中郎将黄忠被任命为都督，但是其部队却做出了大规模的改变，曹仁已经进军到南郡和关羽张飞形成拉锯战的镇南军被再次加强，补充了大量先前归属于华佗掌管下的山中飞虎营部队，成为一只专门的山地野战军。
而黄忠的镇海军却是撤销编制，重新一分为三变成了三只舰队，分别是，北海舰队（日本海，原贝加尔湖改名为昆仑湖），东海舰队和南海舰队，都配备了大量的海军陆战队，每支舰队编制三万人，将成为南征的主力！指挥官分别为臧霸，夏侯惇和张辽，值得一提的是，江夏郡的将领苏飞和其挚友甘宁，成为张辽部下南海舰队的军官。
黄河水战，海军的威力尽显，证明了海军已经有了成为一只单独军种的能力，能够承担作战任务，这使得李哲下定决心迅速扩编海军，推动大航海时代的尽快到来。
这样的话，军制改编完成后，整个大明帝国就将拥有五个野战军二十五万野战部队，其中一个镇南军是专门用于山地作战的野战军，除此之外，还有三支海军，共九万作战人员驰骋于大洋之上。
改制进行的同时，李哲也对部下进行了大肆封赏，诸位将官的爵位普遍的都被升了一级两级，士兵们也都被分了田地，制造出了一大批新的地主和有产阶级。
中郎将之上的更高一级军衔——将军正式变成大明帝国的编制。初次提升，只有三名战区级指挥官——魏延、赵云和黄忠成为最次一等的三等将军。
自李哲起兵以来，这才仅仅是两年过去，大明帝国的这一批老兵还正好是当打之年，分了土地之后，他们将成为李哲政权的最忠实的拥护者，在一次次的战斗中被磨练成百炼成钢的精兵，在李哲给他们的指引下，开拓四方。
其次，是行政问题。去年的一系列战争，产生了大面积的新的占领区，各种民生事务接踵而至。造成了大量的民政官员缺口，为此，原先许都朝廷的官员们大幅度升官是必然的了。此外新领地还需要大量的行政人员入住，新一期的科举考试，吸引了更多的人才，充实到了这些新的占领区，但仍然是供不应求，最后是工会和天道教再次大规模释放出来人员进入朝廷体制，才勉强满足要求，总算是皆大欢喜。
其中南匈奴的东河套平原被彻底并入并州，新并州的疆域又再次成为了大汉鼎盛时期那个直达阴山的拥有超大地盘的并州，但是这一次，李哲鼓励边疆的汉人们采用新式技术开发草原，大面积推广新式牧草的种植，骑上马成为放牧牛羊的汉牧民，并创造出了合作化牧场的方式，科学合理的规划利用牧场，培训更优秀的牲畜品种，汉人的占领地向草原深处一步步的推进。
这个改革对于大明帝国来说正在其时，游牧民部落的突然消失，使得中原和游牧民之间的经济合作一下子出现了停滞，这段间歇期爆发出的整个中原地区对畜力和皮毛的巨大需求，会使得牧民这个行业成为彻彻底底的暴利，也会鼓励汉人们放下锄头，成为骑在马背上的汉牧民，这个汉人牧民化的过程将会大大加深草原和内地之间的经济合作，也会帮助汉民族真正的控制住北方这个美丽的大草原。
而幽州，也是一个重要的地区，一直是中原汉民族的巨大潜在威胁，华夏国的中央政权历史上曾经有两次被从这个地区出来的少数民族灭国。为了控制它，李哲推行了火窑、火炕等取暖方式，鼓励汉民移民，并筹备东北工业区计划，准备动员国家力量，强行占领开发此地，彻底解决这个地区对中原的威胁。当然，这是一个长期的过程，短时间内难以见效。